Saint Joseph d’Avignon est un lycée privé dont l’histoire remonte au XVIème siècle.
La ville d’Avignon comptait en 1554 déjà quatre collèges et six noviciats dont le fonctionnement était encore tout médiéval. Quand le cardinal légat Farnèse arrive à Avignon, il décide de fonder un collège sur le modèle jésuite initié très récemment par Ignace de Loyola, mais c’est un échec. Dix ans plus tard, des écoles et même l’université, soupçonnées d’hérésie protestante, ayant fermé, son vœu se réalise et les pères Jésuites s’installent dans la maison de la Motte, à l’emplacement du couvent des Cordeliers. En 1565, quoique « un peu retardés par la peste qui sévissait jusque là dans la ville », les cours commencent.